怀孕40天做药物流产的影响是要根据孕囊的大小，排卵正常和子宫内膜正常不会影响以后的怀孕。只要在以后当中尽可能避免进行药物流产和人工流产，一般引起不孕的几率非常小。怀孕时间越短人流手术伤害就越小，检查没有妇科炎症的情况下当天就可以做人流。会导致不孕和严重的妇科疾病。